De catacomben bevinden zich op de plaats van een oude steengroeve
die 'ad catacumbas' heette, en zijn ontstaan (waarschijnlijk al
in de 3e eeuw) in de verlaten gangen van deze groeve. Het oudste
gebouw was een villa ten westen van de groeve, gebouwd in de 1e eeuw.
De huidige kerk van San Sebastiano van de 17e eeuw staat op de plaats
van de oude 'basilica apostolorum', die rond 330 werd gebouwd.
De toegang tot de catacomben gaat door een vertrek dat altijd het
graf van de heilige Sebastianus heeft bevat. Ten westen van de
crypte van S.Sebastiano bevinden zich 9 m onder de grond de 'casa Romana', de
Piazzuola en 3 mausolea.
