Johannes II, 2 januari 533- 8 mei 535.
Omdat zijn eigen naam - Mercurius - ook de naam van een heidense godheid was,
nam Johannes II als eerste na zijn pauskeuze een andere naam aan. Hij is ook bekend
gebleven omdat hij onder druk van de oosterse keizer de dogmatische uitspraken van
een vorige paus (Hormisdas) tegensprak.
De gebeurtenissen die leidden tot zijn verkiezing, meer dan twee maanden na de
dood van zijn voorganger Bonifatius II, zijn een aanwijzing voor de vaak al te menselijke
aard van het pausschap. Volgens historici was het 'een periode vol intrige en corruptie
met aspiranten voor de pauselijke troon en hun aanhangers die hun toevlucht
namen tot stemmenwerven en omkoperij. Zelfs kostbaar kerkelijk vaatwerk en fondsen,
bijeengebracht om de armen te ondersteunen, werden verspild om stemmen te
winnen.' Naderhand bevestigde de koning van Italië een decreet van de senaat waarin
op straffe van zware sancties verschillende onoorbare praktijken bij pausverkiezingen
buiten de wet werden gesteld en hij beval dat het decreet, gegrift in een marmeren
plaat, in de Sint-Pieter moest worden aangebracht zodat allen het konden zien.
Johannes II was al een bejaarde priester en zijn keuze was een compromis. Hij stond
op goede voet met zowel de Ostrogotische koning Athalarik van Italië als de oosterse
keizer Justinianus I. Na een synode aanvaardde de nieuwe paus officieel een dogmatisch
decreet dat de keizer in maart 523 had uitgegeven. Dit decreet erkende de leer
van de eerste vier oecumenische concilies, maar het bevatte ook de zogenaamde theopaschitische
formule ('een van de heilige Drievuldigheid heeft in het vlees geleden'),
die paus Hormisdas had verworpen omdat deze enerzijds onnodig was en anderzijds
vatbaar voor misverstand. De keizer stond achter deze formule omdat ze orthodox
was en tegelijk de monofysieten onder zijn bestuur kon aanspreken omdat ze antinestoriaans
van toon was. De monofysieten leerden dat Christus alleen een goddelijke
natuur had; de nestorianen dat er in Christus twee personen waren, een goddelijke
en een menselijke. Toen de acemeten (de monniken die 'nooit slapen') van Constantinopel,
die bekendstonden vanwege hun trouw aan de leer van het concilie van Chalcedon
(451), protesteerden tegen de aanvaarding van de formule door de paus, trachtte
deze hen te overreden hun bezwaren in te trekken. Maar ze weigerden en de paus
excommuniceerde hen als nestorianen omdat ze zover schenen te zijn gegaan dat ze
de titel Theotokos (Moeder van God) voor Maria ontkenden. De paus schreef aan de
keizer om hem te informeren dat zijn decreet orthodox was. Op zijn beurt nam de
keizer de pauselijke brief, evenals zijn eigen (waarin hij de Apostolische Stoel erkende
als 'het hoofd van alle kerken'), op in zijn beroemde Codex van Justinianus. De hele
periode wordt echter vooral gezien als een voorbeeld van hoe de ene paus de andere
in doctrinaire aangelegenheden tegenspreekt.
Johannes II stierf op 8 mei 535 en werd begraven in het portaal van de Sint-Pieter.