Johannes III, 17 juli 561 - 13 juli 574.
Er is maar weinig bekend over het dertienjarig pontificaat van Johannes III. Hij stond bekend als pro-oosters en werd gekozen met steun van keizer Justinianus en Narses, de keizerlijk exarch (onderkoning) van Italië. Hij was de tweede paus die na zijn verkiezing zijn eigen naam (Catelinus) veranderde. De eerste was Johannes II (53-3 - 535) wiens eigen naam Mercurius was. In het zevende jaar van het bestuur van Johannes III vielen de Langobarden grote delen van Italië binnen. Deze crisis droeg bij aan de verzachting van het schisma dat gedurende het pontificaat van Pelagius I had bestaan tussen Rome en de grote kerken in het westen. De verhoudingen met Noord-Afrika waren al verbeterd in 565, na de dood van Justinianus. De nieuwe bisschop van Milaan, wiens stad nu in handen van de Langobarden was, besloot in 573 dat het politiek verstandig was om de communio met Rome te herstellen. Het bisdom Aquilea bleef zich echter afzijdig houden.
Toen de Langobarden naar het zuiden trokken, haastte Johannes III zich naar
Napels om de weinig populaire keizerlijk onderkoning Narses over te halen naar
Rome terug te keren om de crisis het hoofd te bieden. Maar dat stond het volk van
Rome niet aan en hun afkeer van Narses begon ook de persoon van de paus te raken.
Om te voorkomen dat hij verder betrokken raakte in het conflict tussen de Romeinen
en Narses trok Johannes zich terug uit de stad en vestigde zijn residentie bij de kerk van de heilige Tiburtius en Valerianus, ruim drie kilometer buiten de stad aan de Via
Appia. Daar bleef hij tot Narses stierf. Maar kort daarop stierf de paus zelf; hij werd
begraven in de Sint-Pieter.