Pelagius II, augustus 579-7 februari 590; de officiële lijst van het Vaticaan geeft 26 november als het begin van zijn pontificaat, de datum waarop hij de keizerlijke bevestiging kreeg, maar theologisch gezien werd hij paus zodra hij in augustus tot bisschop van Rome was gewijd.
Pelagius II was de tweede paus van Germaanse afkomst. Hij werd gekozen toen het beleg van de Langobarden voor Rome het zwaarst was. Onmiddellijk werd hij tot bisschop van Rome gewijd - waarschijnlijk in augustus - zonder te wachten op de formele keizerlijke goedkeuring. De nieuwe paus zond direct zijn diaken (de latere Gregorius de Grote) als zijn vertegenwoordiger (apocrisarius) naar Constantinopel om uit te leggen waarom van de gewoonte was afgeweken en te smeken om militaire hulp. Maar de keizer kon de noodzakelijke troepen niet leveren. Verzoeken aan de Franken faalden eveneens. Maar in 585, sloot de keizerlijk exarch in Ravenna een wapenstilstand met de Langobarden die vier jaar duurde. De paus trachtte voordeel te trekken uit deze pauze in de vijandelijkheden om de kerkelijke ruzies met de kerken van Noord-italië bij te leggen maar deze inspanningen faalden over het algemeen eveneens, behalve in het geval van Aquilea. Met dat bisdom werd de communio hersteld.
Tijdens het pontificaat van Pelagius II werden de Visigoten in Spanje tot het christendom bekeerd maar er brak ook een nieuwe controverse uit met Constantinopel over het gebruik door de patriarch van de titel 'oecumenisch patriarch', een gewoonte die dateerde van de voorgaande eeuw. Toen patriarch Johannes IV de titel tijdens een synode in 588 aannam, weigerde de paus de akten van de synode te bekrachtigen op grond van zijn overtuiging dat de titel inbreuk maakte op het oppergezag van de paus. Pelagius gaf zijn gezant Gregorius opdracht de communio met Johannes te verbreken tot hij de titel aflegde.
In Rome zelf was de paus een actief bouwheer. Hij verbouwde de San Lorenzo fuori
le Mura (de Laurentius buiten de Muren), waar zijn portret in een mozaïek uit die tijd
op de triomfboog prijkt. Toen er een pestepidemie uitbrak als gevolg van een overstroming
van de Tiber, behoorde Pelagius II tot de eerste slachtoffers. Hij werd begraven
in het portaal van de Sint-Pieter.