Vigilius, 29 maart 537- 7 juni 555. De officiële lijst van het Vaticaan noemt Vigilius eveneens als paus vanaf 29 maart 537, hoewel zijn voorganger Silverius pas op 11 november van dat jaar officieel afstand had gedaan.
Vigilius was duidelijk een van de meest corrupte pausen in de geschiedenis van de kerk. Als pauselijk nuntius in Constantinopel sloot hij een geheime overeenkomst met de monofysitische keizerin Theodora om de monofysitische patriarch Anthimus opnieuw op de zetel van Constantinopel te zetten en het concilie van Chalcedon (451) te verwerpen. Dit concilie had het monofysitisme veroordeeld als een ketterij omdat het ontkende dat Jezus zowel een menselijke als een goddelijke natuur bezat. Als wederdienst voor zijn medewerking gaf zij hem geschenken en verzekerde hem van de pausverkiezing na de dood van Agapitus I (535 - 536). Vigilius was al eens tot paus benoemd geweest door paus Bonifatius II (530 - 532) die hem als zijn opvolger aanwees, maar die benoeming was ongeldig verklaard omdat die niet canoniek was.
Tegen de tijd dat Vigilius in Rome terugkeerde, was Silverius al tot opvolger van Agapetus gekozen. Op bevel van de keizer zag zijn generaal in Rome, Belisarius, erop toe dat Silverius werd afgezet en verbannen en dat Vigilius tot zijn opvolger werd 'gekozen'.
Op zijn beurt blokkeerde Vigilius het eerlijke proces voor Silverius waartoe de keizer opdracht had gegeven. Hij ontvoerde de paus en liet hem naar het eiland Palmaria in de Golf van Gaeta brengen waar hij gedwongen werd afstand te doen en waarschijnlijk de hongerdood stierf om een mogelijk beschamend proces te voorkomen. De Romeinse clerus schijnt de 'verkiezing' van Vigilius met terugwerkende kracht tot het aftreden van Silverius in november 537 erkend te hebben.
Vigilius speelde een dubbelhartig spel met het oosten. Persoonlijk verzekerde hij Anthimus en de andere monofysieten dat hij het met ze eens was, maar hij schreef ook aan keizer Justinianus om hem ervan te verzekeren dat hij de leer van Chalcedon volledig onderschreef en dat hij de afzetting door de keizer van Anthimus en de andere monofysieten steunde. Toen Justinianus een edict uitgaf waarin hij zijn veroordeling kenbaar maakte van de 'Drie Kapittels', vroeg hij aan de paus het stuk samen met de andere patriarchen te ondertekenen. Het betrof de geschriften van drie theologen - van wie Theodorus van Mopsueste de meest beroemde was - waarin het concilie van Chalcedon niet ter discussie werd gesteld. Vigilius verzette zich. Daarop liet de keizer hem op 22 november 545 arresteren, terwijl hij voorging in de eucharistie, en liet hem naar Sicilië brengen. Na een lang verblijf daar werd de paus in januari 547 naar Constantinopel gebracht. Daar excommuniceerden de paus en Mennas, de patriarch van Constantinopel, elkaar. In juni gaf Vigilius toe. Hij herstelde de communio met Mennas en beloofde de keizer en keizerin dat hij de 'Drie Kapittels' zou veroordelen. Toen hij dat deed, werd zijn Iudicatum ('besluit' of'oordeel') in het hele westen uitgelegd als verraad van Chalcedon.
Een synode van Afrikaanse bisschoppen excommuniceerde de paus in 550 in Carthago. Zelfs de neef van de paus, diaken Rusticus, verwierp het Iudicatum op Kerstmis 549 publiekelijk en werd vervolgens door zijn oom in het begin van 550 geëxcommun.iceerd. De crisis werd zo ernstig dat paus en keizer tot de conclusie kwamen dat een concilie noodzakelijk was om het probleem op te lossen. Vigilius werd toegestaan het edict, waarin de 'Drie Kapittels' werden veroordeeld, terug te trekken maar kort daarop vaardigde de keizer een nieuwe veroordeling uit. De paus excommuniceerde de theologisch adviseur van de keizer en zocht met zijn priesters een toevlucht in de basiliek van Petrus en Paulus. Nadat hij op het altaar van de kerk lichamelijk was gemaltraiteerd door de keizerlijke politie en daarna als een gevangene behandeld, vluchtte de paus in december 551 over de Bosporus en nam ironisch genoeg zijn toevlucht in de Sint-Euphemiabasiliek waar het concilie was gehouden.
Na verdere bedreigingen en conflicten tussen de paus en de keizerlijke strijdkrachten, vond in juni 552 een verzoening plaats waartoe keizer Justinianus zelf het initiatief had genomen. De paus keerde naar Constantinopel terug en de voorbereiding voor het concilie ging weer verder. Hoewel de paus het concilie wilde houden op Sicilië of in Italië - of tenminste door een synode daar zou worden voorafgegaan - besliste de keizer dat het op 5 mei 553 zou worden gehouden in Constantinopel in de grote zaal naast de Aya Sofia. De paus weigerde het bij te wonen vanwege de magere vertegenwoordiging van bisschoppen uit het westen. Op l4 mei gaf de paus zijn Eerste Constitutie uit, getekend door zestien andere bisschoppen. In dit stuk werd de theologie, niet de persoon, van een van de drie theologen (Theodorus van Mopsueste), die was opgenomen in de 'Drie Kapittels', veroordeeld. De keizer verwierp het stuk en vernederde de paus door de geheime correspondentie over dit onderwerp tussen hem en de paus openbaar te maken. Ook liet hij de naam van de paus verwijderen uit het eucharistisch gebed waarbij hij duidelijk maakte dat hij alleen de communio verbrak met Vigilius als persoon en niet met de Heilige Stoel als zodanig.
De keizer liet het concilie de 'Drie Kapittels' veroordelen en wierp daarna de diaken
van de paus in de gevangenis. Latijnse bisschoppen die niet meewerkten, zette hij af
en stuurde ze in ballingschap. De paus plaatste hij onder huisarrest. Na zes maanden
bond de zieke en geïsoleerde paus in. Op 8 december 553 schreef hij aan de nieuwe
patriarch een brief waarin hij zijn eerdere verdediging van de 'Drie Kapittels' herriep
en toegaf dat ze veroordeeld dienden te worden. Maar de keizer was nog niet tevreden.
Op 23 februari 554 gaf Vigilius zijn Tweede Constitutie uit. Deze ondersteunde
volledig de handelwijze van het concilie aangaande de veroordeling van de 'Drie
Kapittels'. (Tegenstanders van de pauselijke onfeilbaarheid op het Eerste Vaticaans
Concilie in 1869 - 1870 haalden het geval van paus Vigilius aan in hun argumentatie
tegen het voorgestelde dogma hoewel de onfeilbaarheid helemaal geen thema was in
heel deze tragische periode.) Vigilius werd vrijgelaten en toegestaan om, als hij dat
wenste, naar Rome terug te keren. Hoewel zijn aanwezigheid daar gewenst was, bleef
de paus nog een jaar in Constantinopel. Voor zijn coöperatief gedrag kreeg hij van
Justinianus een zogeheten Pragmatieke Sanctie (13 augustus 554) die de kerk in Italië
verzekerde van belangrijke rechten en privileges.
Toen Vigilius ten slotte in de lente op weg ging om naar Rome terug te keren, werd
hij opnieuw getroffen door een van zijn vele aanvallen van galstenen. Hij stierf te Syracuse
op Sicilië. Toen zijn lichaam naar Rome teruggebracht was, werd het niet
begraven in de Sint-Pieter, omdat hij niet zo populair was. In plaats daarvan werd hij
begraven in de San Marcello aan de Via Salaria.